Es va crear en 1927 a partir de la proposta d'un grup d'il·lustrats interessats en el llegat històric, natural, arqueològic i cultural de la comarca d'Artà. Tradicionalment, el museu disposava de tres seccions: Arqueologia, Ciències Naturals i Etnologia.

No obstant això, després de la seva reestructuració, només és possible accedir a l'apartat arqueològic, amb l'exposició permanent titula La darrera comunitat de la prehistòria balear ,dedicada al postalaiòtic, el darrer període de la prehistòria de les Balears, que es desenvolupa entre el segle VI i l'any 123 abans de nostra era, quan les Illes són conquerides pels romans.