Se creó en 1927 a partir de la propuesta de un grupo de ilustrados interesados en el legado histórico, natural, arqueológico y cultural de la comarca de Artà. Tradicionalmente, el museo disponía de tres secciones permanentes: Arqueología, Ciencias Naturales y Etnología.

Sin embargo, tras su reestructuración, solo es posible acceder al apartado arqueológico, con la exposición permanente titula La darrera comunitat de la prehistòria balear (La última comunidad de la prehistoria balear), dedicada al postalayótico, último período de la prehistoria de las Baleares, que se desarrolla entre el siglo VI y el año 123 antes de nuestra era, cuando las Islas son conquistadas por los romanos.